Note of Week 1

本项目是徐英泽创建的 生物信息学（2026春) 第一周课程笔记。

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 Bioinfo Introduction

1. 4 steps of Bioinformatics

• Question
• Information: Biological or Medical Data
• Analysis: Data Clean and Feature Extraction
• Modeling: Probabilistic Model & Computational Algorithm

2. Type of NGS Next Generation Sequencing)

• DNA-seq
• RNA-seq
• Epigenetics
  • DNAase
  • Methylation
  • Histone modifications: ChIP-seq
• Interaction
  • Protein-DNA: ChIP-seq
  • Protein-RNA: CLIP-seq
  • DNA-RNA: Grid-seq

3. Question/Hypothesis-driven Science & Big Data-driven Science

• Question/Hypothesis-driven Science: Question - Information - Analysis - Modeling
• Big Data-driven Science: Information - Analysis - Modeling - Question
• * Now Big Data-driven Science is the Fourth Paradigm*.

4. Model & Algorithm

||Algorithm|Modelm| |:—:|:—:|:—:| |定义|算法是一组明确的步骤或规则，用来解决问题或完成某个特定任务。|模型是算法在特定数据上学习得到的表示。在机器学习中，模型是通过算法从数据中学习得到的，它能够对新的数据进行预测或分类。模型通常包括参数和结构两部分，参数是模型在学习过程中调整的变量，结构则是模型的框架，定义了参数如何组合和相互作用。| |举例|动态规划算法|线性回归模型、神经网络模型|

总之算法是训练模型的方法和规则，模型是算法加上数据训练后的产物。

 Getting Started

1. Document my work

• Github and Markdown

2. Backup my work

• Cloud storage
• Time Machine (Mac)
• Github and Github Desktop (what I use)

3. Text editor

• Vim
• Visual Studio Code
• Jupyter Notebook
• RStudio

4. Docker

• 获得Linux运行环境
• 封装软件，提高软件运行环境的可移植性